1955年，秦含章奉命两度到青岛啤酒厂研究啤酒装瓶后的混浊问题，并研究试制“配制啤酒”，1960年，秦含章调任国务院第一轻工业部发酵工业科学研究所所长。

1964年2月-1965年5月，秦含章主持了科学试点项目“汾酒试点”，第一次系统地揭示出白酒的奥秘，使汾酒完成了从“传统酿造工艺”向“现代酿酒工业”的巨大转变。行业内对酒的分析达到了分子水平，试点成果1978年获得了全国科学大会重大成果奖。

1964年，方心芳与秦含章主持并参与了茅台酒的研究科技试点组，按照茅台酒的生产周期，分两期开展了科技试点研究。

2007年，中国食品发酵工业研究院授予“终身成就奖”。

秦含章在专业领域的科研报告、论文和著作有40多部，将近6000万字。