他被誉为光大四朝元老，谈及光大的16年，他表示自己有遗憾，“光大的发展不如人意，波折比较多，领导更换太多，不像中信一路发展下来有比较平稳的领导班子沿袭和过渡。”

2000年，孔丹离开光大正式加入中信集团，与自己的老大哥原中信集团董事长王军搭档了6年。期间，他们共同推动中信集团的更名改制，奠定了中信集团金融业的发展方向。2006年，掌舵中信集团近11年之久的董事长王军卸任后，孔丹接棒。谈起在中信的10年，孔丹说：“在我任董事长期间做了很多努力，比如中信银行上市、处理中信泰富危机。我那时特别努力想做的事，即中信集团整体上市，最终也实现了。所以，也没有什么遗憾。”

“我不得不承认，实践把我塑造成了一个国企干部。我不像很多企业家会说自己成功，我自己这一辈子都在转危为机，败中求胜。我很多事都被推着走，光大信托不是我拉的屎，我得去擦屁股；中信银行不良贷款是长时间发展积累下来的风险问题，它也不是我直接造成的；泰富危机并不是我惹的祸，但我们最终还是救了它。很多事情不是你想不想做，而是被逼着去应对。”孔丹说道。

2010年12月27日被正式宣布卸任中信集团董事长。“我很庆幸，在我退休的时候，是时任国家副主席习近平亲自找我谈话，对我工作表示认可和肯定。近平同志说：‘你在中国改革开放的两个窗口——中信，光大多年，工作卓有成效’。虽未盖棺但已有定论，我觉得就该可以了”。

原本功成身退的他以为可以归于平淡，但2013年的“秦孔之争”再次将他卷入舆论漩涡。“我很无奈，这个转折是我万万没有想到的。但网上传言我们吵架、骂脏话，这绝对是造谣。我和秦晓只是在一些问题上意见相左，我们毕竟还是发小。我既不是“左派”，也不是“右派”，我是实事求是派。”